Es el mecanismo financiero que le permite al MInisterio integrar los recursos públicos, privados, internacionales y de donación para financiar el desarrollo de  la Ciencia, Tecnología e Innovación. De acuerdo a lo dispuesto en la ley 1286 de 2009, “Por la cual se modifica la Ley 29 de 1990, se transforma a Colciencias en Departamento Administrativo, se fortalece el Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación en Colombia y se dictan otras disposiciones", se celebrará un contrato de Fiducia Mercantil (Patrimonio Autónomo) en el cual actuará como único Fideicomitente y beneficiario y los recursos serán administrados a través de este.
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