COLCIENCIAS, como líder de la política de CTeI es la entidad encargada de ejercer la Secretaría Técnica del FCTeI. La Secretaría Técnica proporciona la infraestructura logística, técnica y humana requerida para el funcionamiento del Órgano Colegiado de Administración y Decisión (OCAD) del FCTeI. La Secretaría convoca a los miembros del OCAD y elabora las relatorías y actas sus sesiones.