Gestión Territorial es un equipo de profesionales encargado de ejecutar las funciones asignadas a Colciencias relacionadas con:
 
  1. La articulación entre el Gobierno Nacional y los departamentos para la definición, ejecución y seguimiento de la política, programas y proyectos de Ciencia, Tecnología e Innovación.
  2. Las funciones como órgano del Sistema General de Regalías entorno al Fondo de Ciencia, Tecnología e Innovación.
  3. Secretaria Técnica del Órgano Colegiado de Administración y Decisión (OCAD) del Fondo de Ciencia, Tecnología e Innovación (FCTeI) del Sistema General de Regalías (SGR).
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