El CENDOC, ofrece en calidad de préstamo externo, material bibliográfico de las diferentes colecciones que conserva en dos modalidades: 

1. Préstamo interbibliotecario

Este servicio consiste en el préstamo externo de máximo tres (3) ejemplares del material bibliográfico hasta por tres (3) días, a funcionarios de entidades públicas a través sus respectivas bibliotecas o centros de documentación en el marco de un acuerdo institucional con Colciencias
.
Los documentos de informes finales de investigación y las tesis de posgrados y maestrías, solo podrán ser consultados en sala, en aras de la protección a la propiedad intelectual de sus autores.

2. Préstamo a funcionarios de Colciencias

Consiste en el préstamo externo hasta por veintitrés (23) días hábiles de material bibliográfico a los funcionarios de Colciencias, con posibilidad de renovar el préstamo por un nuevo periodo de tiempo.