La cooperación con Australia ha buscado fortalecer el sistema educativo de ambos países y las capacidades de los investigadores científicos. Esto se ha logrado a través de la suscripción de una serie de instrumentos de cooperación internacional que fortalecen el Programa de Formación de Alto Nivel de Colciencias. Los instrumentos son:

1. Convenio de Colaboración de un Programa con financiamiento conjunto para estudios de posgrado, suscrito entre COLCIENCIAS y el Consorcio de Universidades de Australia entre las que se encuentran:
 
  • The University of Western Australia.
  • University of Wollongong.
  • Griffith University.
  • Flinders University.
  • Macquarie University.
  • The University of Sydney.
  • The University of Technology, Sydney.
  • Monash University.
  • Swinburne University of Technology.
  • The University of Melbourne.
  • The University of Adelaide.
  • James Cook University.
  • Curtin University.
  • University of Tasmania.

2. Memorando de Entendimiento entre COLCIENCIAS y la Universidad de Queensland.

3. Memorando de Entendimiento entre COLCIENCIAS y la Universidad Nacional de Australia.
 
4. Acuerdo para la realización de prácticas de investigación Australia-Américas entre COLCIENCIAS y el Departamento de Educación y Capacitación de Australia.