De los recursos de que trata el artículo 361 de la Constitución Política, que no fueron apropiados en el Fondo Nacional de Regalías a diciembre 31 de 2007, se destinaron cien mil millones de pesos ($100.000.000.000,00), a la financiación de proyectos regionales de inversión de ciencia, tecnología e innovación, que benefician a las entidades territoriales. Su distribución, se realizó a través de convocatorias orientadas a fortalecer las capacidades de Ciencia, Tecnología e Innovación. Dicha destinación se adelantó en concordancia con las restricciones fiscales existentes y se realizó mediante transferencia al Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación -COLCIENCIAS-.

Los actos y contratos que celebra el Fondo se sujetan a las normas de contratación del derecho privado subsidiariamente con las de ciencia y tecnología. La Contraloría General de la República ejerce el control fiscal sobre los recursos públicos que se transfieren al Fondo.

Los recursos del Fondo Nacional de Financiamiento para la Ciencia, la Tecnología y la Innovación, Fondo Francisco José de Caldas son los siguientes:

1) Los recursos del Presupuesto General de la Nación que se destinan a la financiación de actividades de ciencia, tecnología e innovación y que se hubieren programado en el mismo, para ser ejecutados a través del Fondo.

2) Los recursos que las entidades estatales destinan al Fondo para la financiación de actividades de ciencia, tecnología e innovación.

3) Los recursos provenientes del sector privado y de cooperación internacional orientados al apoyo de actividades de ciencia, tecnología e innovación.

4) Las donaciones o legados que le hacen personas naturales o jurídicas, nacionales o extranjeras, y entidades internacionales.

5) Los rendimientos financieros provenientes de la inversión de los recursos del patrimonio autónomo.